问、习气种子是无量劫熏习而来的，那不好的习气种子有没有较好（快）的方式可以转变为清净的种子？
答：习气种子是无量劫以来不断熏习而成就的一种势力，所谓种子也称为“界”，也就是真心如来藏所含藏无量无边的各种功能差别，每种功能各有其范围限制，故被称为界。譬如眼识的种子就是能见色的功能差别，故不能闻声；同样的，耳识的种子亦不能见色，因各有其局限，所以称之为“界”。而习气种子则是经过不断的造作熏习，让某一类种子遇到某种相应境界缘之时，产生某种对应的心行现行，又经云：“习气成暴流”，非唯一类种子现行，乃一团一聚甚至多团多聚集的相应现行；而这些习气的形成，就是因为一再重复这种相同的过程及对应心行的结果，让此业行功能的势力愈来愈大，而使得七转识习惯于这种相同的运作模式，乃至成为一种直接的反应。
一般所说的“断除习气种子”，乃是指断除如来藏中烦恼障习气种子的随眠。此分习气种子的断除，乃是成佛之道中必须修证而具有的功德，若要较快转变不善之习气种子，必须要真修实证成佛之道的内涵。是以种子习气的断除，得要在证悟以后进修相见道位的法要，具足三贤位的习种性、性种性、道种性功德时，在进入初地圣种性以后，方能配合诸地无生法忍果的证得，p.123才开始断除烦恼障习气种子随眠或所知障随眠，故唯地上菩萨才能开始真断习气，此乃是圣种性菩萨所修证之内容之一，也就是地上菩萨才能做得到，凡夫菩萨及三贤位的菩萨乃至二乘圣人阿罗汉、辟支佛都只能伏而不能断。但是，要做到伏除习气种子的现行却也不容易，必须于见道位通达以后，一世又一世不断地投入具足习气种子现行因缘的人间，于历缘对境中，现前体验、观照、思惟、决定，知其爱味、过患，于彼习气种子现行的同时，以无生法忍智慧相应之现观，来转易原有的烦恼习气种子之现行及运作模式。既然习气是长久熏习而成，当然也要经过长时间对于此分法相的观观止止才能渐次改变。
平实导师于《灯影——灯下黑》当中，有针对质难者的提问回答，引出经论中所提“转转入圣地”及“于诸菩萨所作加行，以分别慧数数思择方能修作，未能任性成办所作”的圣教，其中有甚为详细的开示，亦即对断除习气种子的前提——三贤位待除二障见道所断之异生性——开示许多内涵与进修次第要领。因此习气种子的断除，并非一蹴可几。首先必须于菩萨十住之习种性位，努力断除粗重烦恼习气与现行，要有改变此不好习气的决定作意生起，再能受持菩萨戒之精神受戒、学戒、持戒，透过佛戒威德力之加持，依之遵行，自己能够如法受持，再透过如法的忏悔、布萨……等增上缘的加持，让此诸加持力与自己断除习气的作意相应，更能使得自己断除习种现行的离系果德增上；透过这样的加行，p.124才能在此粗重习气种子现起之时，即时作意来转变原来习惯的运作模式，进而方能转易原来不好的习气种子，使现行后的不善习气种子改变为清净的种子。若论真正的将种子转变为清净，则唯有于佛菩提道上精勤不懈，努力完成三贤位的修证而入初地以后，才能开始渐次清净染污的习气种子，乃至再经二大阿僧祇劫的修行，究竟清净一切种子而成究竟佛，方能圆满烦恼障相应的习气种子之断除。然而要入初地的菩萨得先“永伏性障如阿罗汉”，此非三贤位菩萨能够做到，得初地入地心以上的菩萨才能成就；虽然习种性菩萨亦以断除习气为主要修行之一，但却只是针对粗重的习气现行与造作，唯在降伏之阶段；而习气种子的真实断除，得要圣位菩萨方能行之。更非专修解脱道者能断，因为已证解脱道极果的阿罗汉、辟支佛，皆无法断除习气种子，更何况未见道者！唯有地上菩萨才能实际开始断除，乃至佛地能究竟断尽此分习种，而成究竟佛。
平实导师亦于《灯影——灯下黑》当中开示︰真行菩萨道而非乾慧无行者，若是利根者，于证得十行位满心的阳焰观时，即可断除大乘异生性；然大多数菩萨乃是在入地时断除大乘佛菩提的异生性。所以三贤位的菩萨还是要努力以般若别相智的实证现观圆满为主，于历缘对境中一再地观观止止，来降伏不好的习气种子与现行造作，如此才能渐次“转转入圣地”，否则就不能成为圣种性菩萨，也就无法清净染污的习气种子。所以，若说要较好、较快的转变这些不好的习气种子，将之转成清净种子，p.125唯有于见道后，再于佛菩提道的修证上精勤不懈而努力用功，效法释迦世尊过去以大精进菩萨之精进行，以长劫化入短劫的别教直往法要来超劫精进，如此才是最好、最快也是唯一的方法。在三贤位中，清净的受持菩萨戒、声闻戒，以及深入研读《阿含正义》而确实加以实行，可以帮助自己快速断除烦恼障的现行，提早永伏性障如阿罗汉而进入初地，也是提早过完三贤位而进入初地开始灭除习气种子的好方法。p.126
