关于本识，《杂阿含经》卷5中说：
【如是我闻，一时佛住王舍城迦兰陀竹园。尔时有外道出家名仙尼，来诣佛所，恭敬问讯，于一面坐。白佛言：世尊！先一日时，若沙门、若婆罗门、若遮罗迦、若出家，集于希有讲堂，如是义称：‘富兰那迦叶为大众主，五百弟子前后围遶。其中有极聪慧者、有钝根者，及其命终，悉不记说其所往生处。复有末迦梨瞿舍利子为大众主，五百弟子前后围绕，其诸弟子有聪慧者、有钝根者，及其命终，悉不记说所往生处。如是，先阇那毘罗胝子、阿耆多翅舍钦婆罗、迦罗拘陀迦栴延、尼揵陀若提子等，各与五百弟子前后围绕，亦如前者。沙门瞿昙尔时亦在彼论中，言：〔沙门瞿昙为大众主，其诸弟子有命终者，即记说言：某生彼处、某生此处〕。’我先生疑：云何沙门瞿昙得如此法？
佛告仙尼：汝莫生疑！以有惑故，彼则生疑。仙尼当知，有三种师；何等为三？有一师，见现在世真实是我，如所知说，而无能知命终后事，是名第一师出于世间。复次，仙尼！有一师，见现在世真实是我，命终之后亦见是我，如所知说。复次，仙尼！有一师，不见现在世真实是我，亦复不见命终之后真实是我。仙尼！其第一师见现在世真实是我，如所知说者，名曰断见。彼第二师见今世后世真实是我，如所知说者，则是常见。彼第三师不见现在世真实是我，命终之后亦不见我，是则如来、应供、等正觉说。现法爱断、离欲、灭尽、涅槃。仙尼白佛言：世尊！我闻世尊所说，遂更增疑。佛告仙尼：正应增疑。所以者何？此甚深处，难见、难知；应须甚深照，微妙至到，聪慧所了。凡众生类，未能辩知。所以者何？众生长夜异见、异忍、异求、异欲故。
仙尼白佛言：世尊！我于世尊所，心得净信。唯愿世尊为我说法，令我即于此座，慧眼清净。佛告仙尼：今当为汝随所乐说。佛告仙尼：色是常耶？为无常耶？答言：无常。世尊复问：仙尼！若无常者，是苦耶？答言：是苦。世尊复问仙尼：若无常、苦，是变易法，多闻圣弟子宁于中见我、异我、相在不？答言：不也！世尊！受想行识，亦复如是。复问：云何仙尼！色是如来耶？答言：不也！世尊！受想行识，是如来耶？答言：不也！世尊！复问：仙尼！异色有如来耶？异受想行识有如来耶？答言：不也！ 世尊！复问：仙尼！色中有如来耶？受想行识中有如来耶？答言：不也！世尊！复问：仙尼！如来中有色耶？如来中有受想行识耶？答言：不也！世尊！复问：仙尼！非色、非受想行识有如来耶？答言：不也！世尊！佛告仙尼：我诸弟子闻我所说，不悉解义，而起慢。无间等，非无间等故，慢则不断。慢不断故，舍此阴已，与阴相续生。是故，仙尼！我则记说：‘是诸弟子身坏命终，生彼彼处。’所以者何？以彼有余慢故。
仙尼！我诸弟子于我所说，能解义者，彼于诸慢，得无间等；得无间等故，诸慢则断。诸慢断故，身坏命终，更不相续。仙尼！如是弟子，我不说彼舍此阴已，生彼彼处。所以者何？无因缘可记说故。欲令我记说者，当记说：‘彼断诸爱欲，永离有结，正意解脱，究竟苦边。’我从昔来及今现在，常说慢过、慢集、慢生、慢起；若于慢，无间等观，众苦不生。
佛说此法时，仙尼出家远尘离垢，得法眼净。尔时仙尼出家见法、得法，断诸疑惑，不由他知，不由他度；于正法中，心得无畏。从座起，合掌白佛言：世尊！我得于正法中出家修梵行不？佛告仙尼：汝于正法得出家，受具足戒，得比丘分。尔时仙尼得出家已，独一静处修不放逸，住如是思惟。所以族姓子剃除须发，正信非家，出家学道，修行梵行。见法自知得证：我生已尽，梵行已立，所作已作，自知不受后有，得阿罗汉。闻佛所说，欢喜奉行。】
以上这一段经文的意思是说：当时有一位外道出家人叫作仙尼，他向佛禀白说：世尊！先前一天，或有沙门、或有婆罗门、或有遮罗迦、或有出家人，同集于希有讲堂中，以这样的道理宣称：富兰那迦叶为大众之主，有五百弟子前后围遶；其弟子中有极为聪慧者，也有钝根者，等到他们渐渐命终以后，都不记说，舍命的弟子们所往生之处。还有末迦梨瞿舍利子，他也是大众主，有五百弟子前后围遶，他的那些弟子中，也有很聪慧的人，也有钝根的人，等到他们渐渐命终以后，也都不记说他们死后所往生之处。就像是这样子，先阇那毘罗胝子、阿耆多翅舍钦婆罗、迦罗拘陀迦栴延、尼徤陀若提子等大众主，也都各有五百弟子前后围遶，也如同前面所说的那些大众主一般，都不能记说命终弟子往生何处。沙门瞿昙您也是那次被论议的人物之一，他们说：沙门瞿昙为大众主，他的弟子们，若有人命终时，就为他们记说而宣称，某某人往生到那个地方，某某人往生到这个处所。我先前听了，心中生起疑惑，是什么原因，使沙门瞿昙得到这样胜妙的法？
佛告仙尼说：你不要生起疑惑！由于迷惑的缘故，他们就会生起疑心。佛陀对仙尼说：仙尼！你应当知道，世间有三种师父。有哪三种呢？有一种师父，看见现在世真实是我，常住不坏，就以他们所知道的内容为人宣说，但是他们没有能力知道命终以后的事情，这是我说的第一种师父。另外，仙尼！有第二种师父，他看见现在世真实是我，常住不坏，命终之后也看见这样的我常住不坏，就以他们所知道的内容为人解说。然后，仙尼！还有第三种师父，他不认为现在世真实是我，也同样不认为命终之后的我是真实不坏的我。仙尼！第一种师父误以为只有现在世五阴才是真实我，如他所知道而为别人解说的，我说他是断见。第二种师父误以为，今世、后世都同样是这个真实的我，就如他所知而为人宣说者，则是常见。第三种师父不认为现在世这个我是真实不坏，命终之后也不认为有五阴的我可以真实常住不坏，这就是如来、应供、等正觉所说的法，现前所证的法是贪爱已断、离诸贪欲、灭尽五阴、不生不灭的涅槃。仙尼白佛言：世尊！我听闻世尊所说，因此就更增加疑惑了。佛告仙尼说：你正应该增加疑惑。为什么这样说呢？这个法义的甚深之处，难以看见、难以了解，应该要甚深地观照，很微妙地观察到究竟，这是聪慧人所了知的，凡夫众生都没有能力辩论及了知。为什么这样说呢？都是因为众生在生死长夜中一直存有不同的见解，不能安忍于我所说的真实法，所求也和我所说的不同，心中的也和我所说的不同的缘故。
仙尼接著向佛禀白说：世尊！我在世尊您这里，心中已得到清净信了，唯愿世尊为我说法，使我就在这个法座上，慧眼生起，智慧清净。佛告仙尼说：如今当为你所爱乐而为你说明。佛告仙尼：色阴是常呢？还是无常？答言：无常。世尊复问：仙尼！色阴若是无常的话，是不是苦呢？答言：是苦。世尊复问仙尼：色阴若是无常、苦，是变易法，多闻的圣弟子们，难道还会把色阴认定是真实我，认定色阴与真实我不一样，或是认定色阴混合在真实我里面吗？答言：不会如此，世尊！对于受想行识，也是一样。世尊复问：你的意思是怎么呢？色阴就是如来吗？答言：不是的，世尊！受想行识就是如来吗？答言：不是的，世尊！复问：仙尼！假使离开色阴会有如来吗？离开受想行识会有如来吗？
答言：不是这样的，世尊！复问：仙尼！色阴中的某一法有如来吗？受想行识中的某一法有如来吗？答言：不是的，世尊！复问：仙尼！如来中有色阴吗？如来中有受想行识吗？答言：不是的，世尊！复问：仙尼！外于色阴、外于受想行识有如来吗？答言：不也，世尊！
佛告仙尼：我诸弟子闻我所说，不能全部理解我所说的法义，但因为正法是无间断而且平等的法，而他们所证的不是无间断而平等的。由于他们所证的法不是无间断而平等的，我慢就不能断除，我慢不能断除的缘故，弃舍这个五阴以后，与前世的五阴一样相续的五阴，又再度出生，由于这个缘故，仙尼！我就记说，这些弟子们身坏命终以后，往生到各个不同的处所。为什么这样记说呢？都是因为他们尚有其他种种慢心留存的缘故。另一方面，仙尼！我诸弟子对于我所说的法义，能确实理解其中深义的人，他们面对种种慢心时，能证得无间断而平等的妙法，证得无间断而平等之妙法的缘故，种种慢心就会断除。种种慢心断除的缘故，身坏命终以后就不会再相续地出生后世五阴了。仙尼！像这样的弟子们，我不会记说他们舍弃这一世的五阴以后，往生到各个不同的处所。为什么呢？是由于他们已经没有出生的因缘，可以让我来记说他们的缘故。假使勉强要我来记说他们，应当这样记说：他们已经断除种种爱欲，永远舍离三有的结缚，真正地想要进入解脱境界中，已经到了苦的究竟边际。我从过往以来以及如今现在，常常说明慢心的过失、慢心的积集、慢心为何会出生、慢心生起的种种情形，假使面对慢心时，能证得无间断而平等的观行智慧，众苦就不会再出生。
佛说此法时，仙尼出家远离尘垢，得到法眼清净。当时仙尼外道获得允许出家以后，独自一人在安静处所专修不放逸行，住于佛所说的这些法义中深入思惟。这就是名门望族中的男子们剃除须发，以真正清净信，不乐在家，出家学道，修行梵行，不久之后他看见了出离三界生死的法性，自己清楚地知道已经证得了我的未来生已经终尽，清净行已经建立，为解脱生死所应该作的事，都已经作完了，自己心中已经知道不会再有后有，已经证得阿罗汉果了。他听闻佛陀所说的法义，欢喜地奉行著。
在这部经文中，佛陀一再地反问：色是自心如来本识吗？受、想、行、识是自心如来本识吗？色阴中有某一个色法是本识如来吗？受、想、行、识中有某一个受，乃至于某一个识，是自心如来吗？色阴与自心如来有异吗？色阴等于自心如来吗？受、想、行、识与自心如来有异吗？受、想、行、识就是自心如来吗？若想要寻找自心如来，可以离色阴而寻找吗？若想要寻找自心如来，可以离受、想、行、识，四阴而寻找吗？色阴与自心如来是混合而不可分离的吗？受、想、行、识与自心如来是混合而不可分离的吗？自心如来是与色阴混合为一的法吗？受、想、行、识是与自心如来混合为一的法吗？离开色阴能有自心如来出现于人间吗？离开受、想、行、识，能有自心如来出现于三界中吗？
佛陀不断地反问这些问题，从各种不同的方向来反问，激发仙尼外道出家 深入理解，五阴非我、不异我、不相在的真实意涵。佛陀的意思很清楚地表明，五阴固然是虚妄法、缘生法，无常、苦、无真实我、非无间等法，但是 佛陀也很清楚地表明，另有一个被称为自心如来的真实法真我，一向都与五阴同时同处，但又不是五阴，也不是五阴中的某一法，可以被称为自心如来；而五阴都不是无间等法，如来真我却是无间等法，所以漏尽比丘身坏命终以后，住无间等法中，不是入于断灭境界中。
佛陀为了防止仙尼外道出家误会法义，又从正反面提问：真我如来是在五阴中吗？五阴是在真我如来中吗？这意思是说，真我如来若是五阴中的某一法，或者真我如来是与五阴混合而不可分的，当五阴将来坏灭时，真我如来就会如同五阴一样坏灭，而成为断灭了。所以真我如来不是与五阴混合而不可分离的；若五阴就是真我如来，那么真我如来就是生灭法，将来一定会随著五阴的坏灭而灭失，成为断灭。所以说，五阴与真我如来不相在，不是同一法，也不是互相混合为一而不可分离。
由这部经中往复的问难，而激发仙尼外道出家，理解到五阴与真我自心如来，是非一亦非异的。如来真我不等于五阴，而五阴也不等于如来真我，五阴不离如来真我，如来真我也不离如来的五阴。而五阴中的任何一法，都不是真我如来，但也不能说五阴与真我如来无关，不可以说五阴全然异于自心如来，因为五阴是由自心如来真我出生的，是与真我自心如来和合一起运作，所以五阴不异真我、不异如来。但也不可以说五阴就是如来，因为五阴不是无间等法，而自心如来真我是无间等法，非无间等的五阴是被无间等的自心如来真我所出生的。所以将来五阴坏灭时，自心如来不会坏灭，但是五阴虽由自心如来真我出生，不异于真我如来，可是五阴终究会坏灭，故不是无间等法。而自心如来是无间等法，永不坏灭，所以五阴终究不是真我自心如来，五阴与自心如来既然同时同处与五阴和合似一，却不许因此就说五阴就是如来，也不可以说自心如来就是五阴，因为自心如来与所生的五阴不是混合为同一个法而不可分离的，所以五阴坏灭的时候，真我如来可以离开五阴不会坏灭。
假使有人毁坏自心如来的五阴时，只能毁坏自心如来变化而出生的五阴，不能毁坏真我自心如来。因此大乘法的《楞伽经》中，佛说金刚力士所保护的是化身如来，至于法身如来真我，不是金刚力士所保护的。因为祂是永远都不会坏灭的，三界中也没有任何一法可以坏灭自心如来，所以当化身如来的五阴，若被恶人恶意毁坏时，自心如来不会跟著毁坏。因为自心如来不是与五阴混合为同一个法，所以五阴毁坏的时候，真我自心如来就舍身而去再转生来世的五阴于三界中，无止尽地造出世世五阴，来利益众生而无穷尽。所以不单是 释迦如来常住三界利乐有情，过往十方三界的一切如来也都如此，不断示现于三界中广利有情。所以说如来常住，不是涅槃后无。能这样理解的人，才是懂得解脱道的无间等法;不是这样理解的人，就是错解阿含道的人，所知所证都不是无间等法，而是有间等法。那么他一定是尚未证果的凡夫，不论他的名气有多大，虽然阿含道的修证不必亲证真我如来，但是绝对不可以离开这个正见，否则就一定会如同应成派中观师一般，落入常见与断见具足的恶见中。
如同今天在的某些法师一样，继续主张缘生法的意识心是常住法，以免堕入断见中而被讥评，但这样却已公然违背了佛的圣教。能理解到如来涅槃后，不是空无、断灭，才有可能真的断除我见与我执，才能得到阿含道的解脱实证，才能确定而无所疑。所证的解脱果，虽然是要灭除五阴自我等一切我，不论是多么微细的五阴中的任何一种自我，都必须灭除才能进入无余涅槃。但是灭除一切我法以后，却有自心如来常住，而非断灭后的空无。所以自己所证的解脱果，固然是要灭尽自我的，但是灭尽自我以后却不是断灭的，而是无间等，是无间断地存在，而且是与一切众生都平等平等的。懂得这个道理，心中就不再对入涅槃时必须灭除自我的事情有所恐惧，五上分结中的我慢结使，才能确实灭除。
死后即使仍有极微细的我慢存在，无法避免中阴身的出生。但在中阴阶段，一定不会再去入胎或是受生于天界，就不会再有生死苦了。我慢若仍然存在，就会不信有自心如来常住，恐惧堕入断灭境界中，就一定会再去入胎或受生天界。但是我慢的意思，已经普遍被佛教界的大师们误会了，总是误以为对别人生起分别比较，就是我慢。这样地错解我慢的真义，将会使三果人无法取证阿罗汉果，故应该加以说明。其实我慢纯然是对自我而生起的慢，不是对别人而出生的，我慢的真实义是：因我而起慢。
众生从出生的时候就已经存在我慢，譬如婴儿才出生后，就已经有我慢的存在了。才出生数个月的婴儿，父母如果故意不理他，让他继续处于尿湿的状态中，他就生气而大哭不止，但他并非是对父母生气。又如世间人在下意识中—也就是意根自住的作意中—常常因为自我的存在，而有极微细的洋洋自得，这种心态是很难被人发觉的！不但世间人无法发觉，乃至修行人、哲学家也不知道这种慢的存在，甚至于三果人也很难发觉到这个我慢的存在，所以他无法成为四果人，无法取受现般涅槃，除非有人为他开导我慢的真正意涵。
譬如哲学中的存在主义我思故我在，喜乐于自己存在，正是基于我见而混合我慢的具体事例。我慢的存在，表示对于自我的执著还没有全部断尽，他心中仍有一丝一毫的怀疑，究竟灭尽了五阴以后，是否真的如 佛所说不是断灭境界。由于有极微细的疑心存在，我慢就无法断除。若是真有智慧的人，相信 佛陀圣教而无所怀疑，就能真的断除这个我慢。确信入涅槃后是无间断，只有自心如来唯一法性存在，不是断灭。而且是众生都有这样的如来法性存在，平等不二，这才是证得阿含道的无间等法。若是我慢（因我起慢）仍然存在，就不是无间等法，因为他心中仍然保留著一点点对自我的贪爱执著，只是这么一点点的因自我存在而喜乐，就无法取证无余涅槃，就会堕入我执中，执取识阴中的微细意识为常住法，但其实仍是有间等法。所以说，慢是有间等，非无间等，一切想要真正修学阿含解脱道的大师与学人们，都必须确实地理解这部经，才有可能与阿含道的无间等法相应，否则都会如同一般人一样落入有间等法的粗、细意识境界中。
但是想要理解这部经的含意，是极为困难的。当代大师与学人连断句都不可能正确，何况是真正理解经中佛陀说法的真义，何况能如说而实地观行。这些不否定如来常住的大师与学人们都无法正确断句以及理解，更何况是否定了阿含诸经中如来常住正理的应成派中观师们，又如何能正确地断句及理解呢？当然更不可能正确地如实观行。他们又一向只作佛学学术研究，又信藏密黄教的应成派中观六识论邪见，信受日本松元史朗等凡夫研究者的错误论断，否定如来常住不灭的阿含经正理，怎能理解阿含正义及入手修证之处呢？若有人在这种情况下，寄望他们对阿含道作出正确的弘扬来利益众生，就如同缘木求鱼一样地愚痴了，他们都是不可期待的！
由四阿含中所说的如来常住正理，就可以确认阿含诸经中，有许多地方所说的识，不是识阴中的识。因为 佛不断地处处宣说五阴中的六识心都是缘生法，都是在入涅槃时必须灭除的，当然不会违背自己所说，而认为识阴中的细意识心是常住的。所以阿含许多地方说六识是有间等法，却又同时说有不会灭坏的识，有出生五阴的入胎识；又在十因缘法中说有齐识而还，不能过彼的识，说涅槃的本际、生死的本际，真如、如来藏、我；乃至南传佛法经中所讲的，爱阿赖耶、乐阿赖耶，欣阿赖耶、喜阿赖耶，当然都是指第八识如来藏，不是指识阴中的任何一识。
而阿含中由于寿、暖与识三法的存在，使得众生性命得以存在，这个识当然是指第八识如来藏自心如来。因为当这个识在无病而正常的情况下离开时，寿命就终了，暖触也跟著灭失，识阴六识就全部灭除了。必须等到不属于识阴所摄的这个第八识出生了中阴身以后，才会再有识阴六识在中阴身生起，所以这个本识当然不是指识阴中的意识。
这部经中所说的如来，也不是指称以五阴示现的如来，而是真我常住的第八识自心如来，才会不断地反复质问：五阴与如来是同、是异，是不同、是不异，是和合为一、是不和合为一，是分离二处、是同在一处。所以阿含部的诸经中所说的识，有时是指第八识，有时是指第六识意识，但常常都说、单称为识，不明说是第六识意识，或第八识如来藏，这时就必须有智慧来解读，也要有智慧来理解及往复推敲，才有可能真实确认其中识的涵义。
所以，必须劝请一切大师与学人们，对于四阿含诸经中的声闻佛法，千万不要自己想象就自以为真实了知，就依照自己所了解的，起而误导广大学人，成为不净说法者，甚至成为大妄语者！若只是自己大妄语，所害的只是自己一人，对于佛教界及广大学人而言，倒也无伤大雅，但若残害学徒也同堕大妄语业中，可就其罪弥天了。因此故说，对于识的真义，务必要确实厘清以后，有十分把握才可以斩钉截铁地自称已经懂得阿含佛法了。
敬祝各位菩萨：身心安泰，道业精进，福慧增长，早证菩提。
阿弥陀佛！
------《三乘菩提之阿含正义（一）》 <第94、95集 命根与本识> 正仁老师