禅宗如果按中土初祖菩提达摩乘船入中国开始算起，到现在已有约一千五百年的历史。而整个中国佛教的历史也就近二千年。禅宗在中国发展的经历，与中国佛教其它宗派比起来，可以说并不算太多的曲折，总的说来还是比较顺利的。因为按照佛教的说法，中国佛教史上曾经有过三次法难，一是北魏太武帝灭佛，一是北周武帝灭佛，一是唐武宗灭佛。隋唐时期一共建立了八个中国民族化的佛教宗派，但在经历了最后一次灭佛运动以后，只剩下了禅宗和净土宗二家还有一些势力，其它几个宗派都在历史的长河中逐渐被淘汰。所以就此而言，禅宗应该还算的上比较顺利的了，当然，这和禅宗能够适应社会，具有民族性的特点有密切的关系。
从现在回头来看约1500年的禅宗发展史，它并不是一条上行或下行的直线运动，而是一条有高低峰的曲线运动。历史上它大概应该经历了这样几个发展阶段。
一、从菩提达磨到五祖弘忍时，是禅宗发展的第一个阶段。时间约在公元５世纪中叶至七世纪中叶。因为这时菩提达磨来中国后，先到南方再到北方，最后在少林寺的山洞里潜心修道，虽然其间曾有一些人欣其禅法，据说魏孝明帝也曾遣使三次迎请，但是只有弟子慧可一人得法。慧可传法时，正值南北朝衰运，北魏灭亡，北周武帝灭佛，因此佛教处于低潮，慧可本人和弟子僧璨也因此过着流浪的生活。僧璨传法于道信之后，道信在湖北黄梅双峰山之东破头山（又名冯茂山）与弟子弘忍一起创建道场，营建庙宇，聚徒习禅，开创了东山法门。与此同时在江南地区有法融禅师也在弘宣禅法，影响很大，流布江左。这是从禅宗史上来看禅宗的第一个发展阶段。从禅宗的思想发展过程来看，菩提达磨提倡“籍教悟宗”的思想，以《楞伽经》为所依的经典，到了弘忍时，仍然强调这个思想，从达磨到弘忍在思想理论也是一致的。所以我们把这一时期称为禅宗的第一阶段，这一阶段的特点是，禅宗在思想上以《楞伽经》的理论为标准，在组织上刚开始出现了僧团，只是在一些区域内发生了影响。这是禅宗的初期发展阶段。
二、从神秀、慧能到神会和尚时，是禅宗发展的第二个阶段。时间约在七世纪中叶至八世纪末。神秀和慧能都是五祖弘忍的弟子。但是二人在禅学的态度上却是截然不同的。弘忍仍然实行的是传统的达磨的《楞伽》禅法，以安心为要，在悟的过程中，以渐修而取得。而慧能却改变了达磨的禅法，以《金刚经》为宗经，在悟的过程中，强调顿悟，即不必去执囿于传统的修习方式，在日常生活中也能得到悟的时候。这是禅宗在理论和实践上发生了分野。由于这种认识上的不同而分野，于是也就反映了不同的群体的利益，出现了二个基本派别。神秀的渐悟为特色的禅法主要在中国北方流传，被称为北宗，并且得到了当时统治阶级的支持，神秀本人就得到了唐朝武则天、中宗、睿宗三代皇帝的礼敬，统率西京长安、东京洛阳的佛事，安置于皇家寺院的内道场居住，享有极高的政治地位，故被人称为“两京法主，三帝门师”。禅宗这时才开始走出了黄梅双峰山，在全国有了影响；慧能的顿悟禅法主要在中国南方流传，被称为南宗。神秀贵于朝时，慧能因种种原因，潜出双峰山，到了岭南（今广东），后在法性寺开演东山法门，最后又到曹溪，因此他所创立的南宗只流行于岭南，远不如北宗影响大。到了唐开元二十二年（734），慧能的弟子神会和尚在禅宗举行的滑台大会上，宣传南宗，另立禅宗的谱系，辩败了北宗的崇远法师，又得到了统治阶级的支持，主持佛事，弘扬他的荷泽一系的荷泽禅，南宗最后在北方地区有了影响。这是禅宗正式建立并在全国范围内普遍有影响的时期。
三、从南岳怀让和青原行思到元代，是禅宗发生的第三个阶段。时间约在八世纪下半叶至13世纪。神会所宣传的南宗是慧能禅和他的荷泽禅，但在南方江西、湖南一带还有南岳怀让和青原行思二人及弟子们致力于南宗禅弘扬。怀让和行思也同为慧能的弟子，曾追随慧能到曹溪得法。他们与众位弟子所传的禅法，比慧能和神会的禅法显的更加灵活多变，而且更为简捷，自由开放，行使了机锋棒喝，呵佛骂祖等形式，创造了看话禅、默照禅等不同的禅机应用方法，相比之下，慧能的禅法反而又变的呆捱了。在理论上，禅宗融合了佛教内部各派的思想，又会通了儒家和道教的思想，于是在这种多变的禅风和融合思潮影响下，逐渐产生了沩仰、临济、曹洞、云门、法眼五家禅，以后又在沩仰下面再出黄龙、杨歧二支。又经马祖道一和百丈怀海对禅宗道场及内部管理制度的建立，禅宗的寺院经济也有了相当的实力。到了这时，北宗禅已经衰灭，荷泽禅也不再显于世，五家禅占据了大部分汉地佛教流行地区。这是南宗禅在全国范围内普遍传播和产生影响，禅宗进入了繁盛时期。
四、从元代到清代。时间约在13世纪中叶至20世纪初。元代皇帝信仰藏传佛教，但对汉地佛教并没有什么恶感，只不过管理佛教的仍是藏传佛教的僧人。当时在贵族中，有一些人是禅宗的信徒，曹洞宗僧人曾经参与过佛道之争的论战。元朝廷将佛教分为教、禅、律三家寺院，以属于谈义理的天台、华严、法相三家地位较高。因此有很多人又“从禅入教”。禅宗则受到抑制。明代天下禅宗只有临济和曹洞二家。朝廷对佛教采取了严格的控制，禅宗因此不能发展，也就更加走向衰落。到清代时，禅宗仍然处于衰微之中，但在民间的影响仍然不小。这一时期，禅宗在理论上没有什么新的创新，只是重复过去的一套说法，这也是禅宗没有大的发展的原因。